А запах серы есть от него? Тогда дело швах...
Для начала нужно изолировать его от других минералов... Я вообще рядом с пиритом всегда держу эту хрень из обувных коробок — пакетики, в которых гранулы, уничтожающие сырость... Если память не изменяет, пирит чистят щавелевой кислотой... Но лучше просто беречь его от влаги, держать в сухости, тогда никакие бактерии не страшны.