Горными породами и минеральными агрегатами.

Минералный агрегат — это, как с гипабиссальными породами, промежуточное звено между минералом и горной породой:ag:

Если делить детально, можно говорить, что занорыш сложен горными породами, минеральными агрегатами, минералами, атомами и т.д.
Назови примеры минеральных агрегатов. Проще будет на примерах.

Друза, жеода, сросток. Двойник тоже наверное? Хотя это скорее индивид.

Ищем аналогию:
Деталь машины — Минерал.
Агрегат — Горная порода.
Тело (сама машина) — Тело геологическое.

По этой классификации минеральный агрегат и горная порода — синонимы.

По студенческим воспоминаниям из литологии, кремень рассматривали как осадочную породу. Но могу, конечно, ошибаться. Через пару дней книгу посмотрю о картировании кремнистых толщ. Там должно быть написано, что такое кремень.

В БСЭ кремень описан как минеральное образование, состоящее из кристаллического и аморфного кремнезёма (опала, халцедона или кварца).

Кремнистая толща и кремень — это не одно и тоже. Особенно, учитывая метасоматическое окремнение.

Минеральный агрегат, вид в профиль.

Опять переходим к геологическому телу. В кремнистой толще кремень — порода, в конкреции — не порода.
Минеральным образованием можно назвать и минерал.

Кремнистая толща же не голым кремнем сложена?

Это минеральный индивид.

Looks like a logic break here:
"Агрегат — Горная порода.
Тело (сама машина) — Тело геологическое."
Поскольку сверху в геологии никого нет (кроме диакона), то тело — это горная порода (причём машиной её можно назвать только тогда, когда порода движется, иначе — механизм). Разной морфологии тел (помимо структуры и текстуры пород).
В астрономии тело — Земля, Марс, Юпитер, etc.; в геологии — мать сыра земля.

П-п-переведи